Генотип вируса гепатита С как фактор, определяющий состав кишечной микробиоты: сравнительный метагеномный анализ

Цель. Оценить влияние генотипа HCV на видовое разнообразие и таксономический состав кишечной микробиоты у пациентов с хронической гепатит С-вирусной инфекцией. Материалы и методы. Проведено одноцентровое поперечное клиническое исследование, в которое включены 119 пациентов с хронической гепатит С-вирусной инфекцией. В рамках исследования определен состав микробного разнообразия кишечника методом метагеномного секвенирования 16S рРНК. Высокопроизводительное секвенирование осуществлялось с помощью генетического анализатора MiSeq (Illumina, США) с использованием протокола, основанного на анализе вариабельных регионов гена 16S рРНК. Данные анализировали с применением Kraken2. Уровень значимости принят равным 0,05. Результаты. Описаны особенности кишечной микробиоты у пациентов с хронической гепатит С-вирусной инфекцией в зависимости от генотипа вируса. У пациентов с 1-м генотипом HCV отмечено увеличение численности Helicobacter (padj=0,003), Providencia (padj=0,013) и Paraclostridium (padj=0,013), а также Terribacillus (padj<0,001) и Aminomonas (padj=0,006). У пациентов, инфицированных 3-м генотипом вируса, – Latilactobacillus (padj=0,008), Bombilactobacillus (padj=0,003) и Fructilactobacillus (padj=0,008), а также Thermoanaerobacterium (padj=0,037), Defluviitalea (padj=0,021) и Pelolinea (padj=0,013). Заключение. Установлено, что генотип HCV является фактором, влияющим на состав микробиоты кишечника. Показано, что у пациентов, инфицированных вирусом 1-го генотипа, формируется провоспалительный микробный профиль с увеличением численности патогенных и условно-патогенных микроорганизмов, а также признаками нестабильности кишечной микробиоты. У пациентов с 3-м генотипом HCV отмечено увеличение распространенности пробиотических и метаболически активных таксонов, что свидетельствует о более благоприятном и сбалансированном составе кишечной микробиоты. Purpose. To assess the impact of HCV genotype on the species diversity and taxonomic composition of the gut microbiota in patients with chronic hepatitis C viral infection. Materials and methods. A single-center, cross-sectional clinical study was conducted, including 119 patients with chronic hepatitis C viral infection. The study determined the composition of gut microbial diversity using metagenomic sequencing of 16S rRNA. High-throughput sequencing was performed using the MiSeq genetic analyzer (Illumina, USA) using a protocol based on the analysis of variable regions of the 16S rRNA gene. Data were analyzed using Kraken2. The significance level was set at 0.05. Results. The gut microbiota features in patients with chronic hepatitis C viral infection depending on the viral genotype are described. In patients with HCV genotype 1, an increase in the number of Helicobacter (padj=0,003), Providencia (padj=0,013) and Paraclostridium (padj=0,013), as well as Terribacillus (padj<0,001) and Aminomonas (padj=0,006) was noted. In patients infected with genotype 3 of the virus, Latilactobacillus (padj=0,008), Bombilactobacillus (padj=0,003) and Fructilactobacillus (padj=0,008), as well as Thermoanaerobacterium (padj=0,037), Defluviitalea (padj=0,021), Pelolinea (padj=0,013). Conclusion. HCV genotype has been shown to influence the composition of the gut microbiota. Patients infected with genotype 1 have been shown to develop a proinflammatory microbial profile with an increased abundance of pathogenic and opportunistic microorganisms, as well as signs of gut microbiota instability. Patients with HCV genotype 3 have been shown to have an increased prevalence of probiotic taxa and metabolically active taxa, indicating a more favorable and balanced intestinal microbiota composition.